wwPDB Remediation Projectの概要とPDBjの現状


松浦 孝範, 中川 敦史, 中村 春木

阪大蛋白研

日本結晶学会 2007年度年会 (東京, 2007.12.1-2)

この数年、蛋白質機能についての知見の増大, 実験手法, PDBデータの処理手法の進化等により、PDBのデータアーカイブの一部に矛盾が生じてきた。wwPDB (国際蛋白質構造データバンク) では、これらの問題点に対応し、より統一性のとれたデータベースを構築すべく、データの修正 (remediation) を行ってきた。その一環として、PDBの座標データファイルのフォーマットについても見直しを行った。その成果は、2007年4月にwwPDBおよびPDBjをはじめとするwwPDBメンバーのウェブサイトでテスト公開された。修正されたPDB, CIF, PDBMLフォーマットやその記載事項について、データを利用する研究者からの意見を反映する作業を行ってきた。

2007年8月から、wwPDBメンバーの各ウェブサイトでは、これまでのremediationの成果を反映した新しいデータを用いた運用を開始した。

主な修正点として、以下の点が挙げられる。

本講演では、wwPDB Remediation Projectの概要ならびに変更点について解説を行う。



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松浦 孝範 (MATSUURA Takanori)
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