CNSでhetero compound (リガンド等) を含んだモデルの精密化を行う


CNSでhetero compoundを含むモデルの精密化を行うときは、hetero compoundの情報を各input fileに追加する必要がある。

hetero compoundを検索する

これまでにPDBに登録された構造に含まれるhetero compoundはHIC-Upで検索できる。既にhetero compoundのPDBにおけるthree-letter codeを知っている場合やメジャーなhetero compoundを検索するには左フレームの “QuickXS” を選択する。また、“Search HIC-Up” でキーワード検索も可能である。その他元素組成等でも検索可能である。

topology file, parameter fileを入手する

表示されたページの “Dictionaries” にある “X-PLOR/CNS topology file” および “X-PLOR/CNS parameter file” をクリックしてhetero compoundのtopology file, parameter fileを入手する。

各input fileにtopology file, parameter fileを設定する

CNSの各input fileをweb interfaceまたはテキストエディタで開き、topology file, parameter fileのファイル名を追加する。



Back toX線結晶構造解析関連ソフトウェア使用メモ


松浦 孝範 (MATSUURA Takanori)
t.matsuu%gmail.com (“%” は “@” に置き換えてください)

Valid XHTML 1.1! Valid CSS!