Oでhetero compound (リガンド等) のモデルを表示・修正する


Oでhetero compoundを含むモデルを表示・修正するときは、hetero compoundのconnectivityおよびtorsionの情報を追加しなければらない。

all.dat, stereo_chem.odbファイルをコピーする

ファイルall.dat, stereo_chem.odbの所在は、Oを起動したときに表示される以下の行で知ることができる。このファイルを、Oを使用するディレクトリにコピーしておく。

[user@host ~]% O
...
 O > Stereochemistry file was never loaded
 O > Enter file name [/home/public/xtal/O/data/stereo_chem.odb]:
...
 O > Enter file name [/pub/xtal/O/data/all.dat]:

hetero compoundを検索する

これまでにPDBに登録された構造に含まれるhetero compoundはHIC-Upで検索できる。既にhetero compoundのPDBにおけるthree-letter codeを知っている場合やメジャーなhetero compoundを検索するには左フレームの "QuickXS" を選択する。また、"Search HIC-Up" でキーワード検索も可能である。その他元素組成等でも検索可能である。

connectivity entryを入手する

hetero compoundが検索できたら、表示されたページの "Dictionaries" にある "O connectivity entry" をクリックしてhetero compoundのconnectivity entryを入手する。入手したconnectivity entryは、U5P (UMP) の場合、以下のようになっている。

U5P
ATOM  N1   C2   N3   C4   C5   C6   O2   O4   C1*  C2*
ATOM  O2*  C3*  C4*  O3*  O4*  C5*  O5*  P    O1P  O2P
ATOM  O3P
CONNECT -  N1   C2  N3  C4  C5  C6  N1  C1*  C2*  O2* +
CONNECT  C2   O2
CONNECT  C4   O4
CONNECT  C1*  O4*  C4*  C3*  C2*
CONNECT  C3*  O3*
CONNECT  C4*  C5*  O5*  P  O1P
CONNECT  P    O2P
CONNECT  P    O3P

torsion dictionaryを入手する

hetero compoundが検索できたら、表示されたページの "Dictionaries" にある "O torsion entry" をクリックしてhetero compoundのtorsion dictionaryを入手する。入手したtorsion dictionaryは、U5P (UMP) の場合、以下のようになっている。

RESIDUE U5P
TORSION TOR1 120. C2 N1 C1* C2* C2* O2* C3* C4* O3* O4* C5* O5* P \
O1P O2P O3P
TORSION TOR2 120. C2* C1* N1 C2 C2 N3 C4 C5 C6 O2 O4
TORSION TOR3 -52. C3* C4* C5* O5* O5* P O1P O2P O3P
TORSION TOR4 -52. O5* C5* C4* C3* N1 C2 N3 C4 C5 C6 O2 O4 C1* C2* \
O2* C3* O3* O4*
TORSION TOR5 108. C4* C5* O5* P P O1P O2P O3P
TORSION TOR6 108. P O5* C5* C4* N1 C2 N3 C4 C5 C6 O2 O4 C1* C2* O2* \
C3* C4* O3* O4*
TORSION TOR7 -69. C5* O5* P O1P O1P O2P O3P
TORSION TOR8 -69. O1P P O5* C5* N1 C2 N3 C4 C5 C6 O2 O4 C1* C2* O2* \
C3* C4* O3* O4* C5*

connectivity entryをall.datに追加する

先ほどコピーしたファイルall.datの最後に、入手したconnectivity entryを追加する。

torsion dictionaryをstereo_chem.odbに追加する

先ほどコピーしたファイルstereo_chem.odbの最後に、入手したtorsion dictionaryを追加する。TORSIONのフォーマットが入手したものと異なるので注意すること。具体的には入手したtorsion dictionaryに書かれているTOR*の後の数字を消去する。

TORSION TOR1 120. C2 N1 C1* C2* C2* O2* C3* C4* O3* O4* C5* O5* P \
↓
TORSION TOR1  C2 N1 C1* C2* C2* O2* C3* C4* O3* O4* C5* O5* P \

さらに、stereo_chem.odbの冒頭に記述されているbons_anglesブロックの行数を更新する。先に示したU5Pのtorstion dictionaryを追加した場合は、以下のように修正する。

.bonds_angles t 1859 72
↓
.bonds_angles t 1872 72

以上の要領で作成したall.dat, stereo_chem.odbをOの起動時に読み込めば、Oでhetero compoud (リガンド等) を適切に表示しtorsionを "torsion residue" で変更することができる。


注意

torsionが13個以上ある場合TOR13以降に設定されているtorsionはOでは変更できない。



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松浦 孝範 (MATSUURA Takanori)
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