Oでhetero compound (リガンド等) のモデルを表示・修正する


Oでhetero compoundを含むモデルを表示・修正するときは、hetero compoundの情報をstereo_chem.odbに追加する必要がある。

stereo_chem.odbファイルをコピーする

ファイルstereo_chem.odbの所在は、Oを起動したときに表示される以下の行で知ることができる。このファイルを、Oを使用するディレクトリにコピーしておく。

[user@host ~]% O
...
 O > Stereochemistry file was never loaded
 O > Enter file name [/home/public/xtal/O/data/stereo_chem.odb]:

hetero compoundを検索する

これまでにPDBに登録された構造に含まれるhetero compoundはHIC-Upで検索できる。既にhetero compoundのPDBにおけるthree-letter codeを知っている場合やメジャーなhetero compoundを検索するには左フレームの "QuickXS" を選択する。また、"Search HIC-Up" でキーワード検索も可能である。その他元素組成等でも検索可能である。

coordinateを入手する

hetero compoundが検索できたら、表示されたページの "Coordinates" にある "PDB file (".pdb"; with REMARK and HETATM records)" をクリックしてhetero compoundのcoodinateを入手する。

dictionary entryを入手する

hetero compoundが検索できたら、表示されたページの "Dictionaries" にある "O tdictionary entry" をクリックしてhetero compoundのdictionary entryを入手する。入手したdictionary entryは、U5P (UMPのthree-letter code) の場合、以下のようになっている。

dictionary entryをstereo_chem.odbに追加する

先ほどコピーしたファイルstereo_chem.odbの最後に、入手したdictionary entryを追加する。ただし、torsionのフォーマットが入手したものと異なるので注意すること。具体的には入手したdictionary entryに書かれているtorsion tor*の後の数字を消去する (入手したdictionary fileの上部に、ファイルの作成に使用したXPLO2Dのバージョンが書かれており、"040616/3.2.2" 以降であれば、torsion行の変更作業は不要である)。

torsion tor1 120. C2* C1* N1 C2 C2 N3 C4 C5 C6 O2 O4
↓
torsion tor1 C2* C1* N1 C2 C2 N3 C4 C5 C6 O2 O4

さらに、stereo_chem.odbの冒頭に記述されているbons_anglesブロックの行数を更新する。先に示したU5Pのdictionary entryを追加した場合は、以下のように修正する (2003.12.29のU5P dctionary entryファイルの行数は209)。

.bonds_angles t 2343 72
↓
.bonds_angles t 2552 72

以上の要領で作成したstereo_chem.odbをOの起動時に読み込めば、Oでhetero compoud (リガンド等) を適切に表示しtorsionを "torsion residue" で変更することができる。


注意

torsionが13個以上ある場合TOR13以降に設定されているtorsionはOでは変更できない。



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松浦 孝範 (MATSUURA Takanori)
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