Oで水分子を確認する


CCP4やCNSで水分子を拾った後、実際にmapを見ながら拾った水分子が妥当なものか否かを確認する必要がある。本稿では、Oを用いて水分子の確認を行う際の手順を紹介する。


準備

水の原子名を "OW0" から "O" に変更する (CCP4のarp_watersコマンドを使用した場合)

CCP4のarp_watersコマンドを使用した場合、水分子が "OW0" を記載される。そのままではOで水分子が表示されないため、以下のコマンドで、水の原子名を "OW0" から 正しい記述である "O" に変更する。

$ sed s/OW0/O\ \ /g < infile.pdb > infile1.pdb

CCP4やCNSで得たPDBファイルから水分子とそれ以外を分離したPDBファイルを作成する

後の作業のため、元のPDBファイル (CCP4の出力の場合は、上述の作業後のファイル) から水分子のみを取りだしたものと水分子以外を取りだしたものを作成する。

$ grep HOH infile.pdb > infile_water.pdb
$ grep -v HOH infile.pdb | grep -v END > infile_nowater.pdb

水分子の確認

Oの起動と必要なファイルの読みこみ

Oを起動し、map (2Fo-Fc, Fo-Fc), 水分子以外のPDB, 水分子のPDBを読みこんで表示する。以下、オブジェクト名を各々2FO, FO, MOL, HOHとして説明する。

水分子の確認

以下のコマンドを用いて、実際に水分子を確認する。

water_pekpik
 Sam>  Define the pekpik molecule:
 Sam> What molecule [MOL   ]: オブジェクト名 (例: HOH)
 Sam> Residue range [all molecule]: 確認対象の水分子の範囲 (例: W1 W532)
 Sam> Define a new solvent molecule: 確認した水分子を格納するオブジェクト名 (例: WAT)
 Sam> Name of first solvent residue [1]:

画面中央に、最初の判定対象である水分子が表示される。mapを確認して、水分子として妥当であれば"yes", 不適当であれば "no" を選択する。いずれかを選択すると、次の水分子に移動する。

結果の保存

全ての水分子を確認できたら、水分子として妥当だと判断したものをPDBファイルに保存する。

pdb_write O_water.pdb WAT ;;;;;

水分子以外に変更を加えた場合は、それらも保存する。

後処理

O_water.pdbから選択した水分子を含むATOMレコードのみを抽出する。

$ grep ATOM O_water.pdb | grep -v 0001500 > O_water_edit.pdb

水分子を除いたPDBファイルと選択した水分子のPDBファイルを結合する。



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松浦 孝範 (MATSUURA Takanori)
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